Skalní podklad, na němž spočívá město Praha, vznikal v dávných
    mořích. Ve starohorním (proterozoickém) moři, před více než 600
    miliony let, se z jemného bahna usazovaly jílovité břidlice a prachovce. Tam, kde se v
    bahně ukládaly také hrubší úlomky různých starších hornin, vznikaly drobové
    břidlice a droby. V místech velkých koncentrací křemíku, pocházejících nejspíše
    z podmořských sopečných pramenů, vznikala velmi tvrdá a odolná chemická usazenina,
    buližník (silicit). Na konci starohor proběhlo tzv. kadomské vrásnění.
    Horotvornými tlaky byla pánev starohorních usazenin stlačena a zvrásněna v pohoří.
    Přitom do jejích usazených hornin místy pronikly vyvřeliny, dioritové porfyrity, a
    dodaly jim na tvrdosti. Během dalších milionů let bylo kadomské pohoří erodováno a
    nakonec, po poklesu území, zalito prvohorním mořem.
    V současnosti vystupují starohorní horniny k povrchu na severním a
    jižním okraji Prahy, zatímco ve středu a na jihozápadě města jsou překryty
    prvohorním tělesem. Trojskou kotlinou probíhá rozmezí obou těchto celků v linii
    východo - západní, procházející dnešním areálem zoologické zahrady. Severně od
    ZOO vystupují na povrch starohory, jižně prvohorní ordovik. Styk obou těchto útvarů
    lze studovat právě ve skále v ZOO, nad bývalým pavilonem šelem. Hlavní hmotu této
    skály tvoří starohorní droby, prachovce a jílovité břidlice. V ní je zhruba v
    polovině svahu “zapomenuta” izolovaná šošole ordovických slepenců, tufů a
    usazených železných rud, hematitů. Je pravděpodobné, že této rudy užívali k
    primitivní výrobě prehistoričtí železáři, usazení v době železné na místě
    dnešního Bubenče.
    Starohorní usazeniny, zpevněné porfyrity, vystupují v kaňonu
    Vltavy severně od Troje. Naopak jejich nenápadnou “jižní výspou” je skalka,
    která vystupuje ve vinici Sv. Klára nad trojským zámkem. Tvrdý buližníkový suk
    tvoří Velkou skálu. Tento hřbítek v sousedství dnešního bohnického sídliště
    není příliš velký, ale hodně pamatuje. Od svého vzniku ve starohorách až po
    současnost odolával vícekrát mořskému příboji i kontinentální erozi, která
    odnášela nad ním a kolem něj uložené mladší horniny. 
    Jižně od zoologické zahrady a Havránky leží na starohorních
    horninách usazeniny nebo sopečné materiály prvohorní. Jako na většině pražského
    území se jedná o druhé období prvohor (paleozoika), ordovik. V jeho
    mořích se na území dnešní Trojské kotliny usazovaly méně odolné břidlice a
    slepence nebo naopak velmi tvrdé křemence. Podmořská sopečná činnost přidala
    diabasy nebo sopečné popely. Stáří těchto hornin se odhaduje na 400 až 500 milionů
    let. Ordovické břidlice tvoří například ostroh Letné a pahorek Pecku v Bubenči.
    Světlé křemence dodávají odolnosti Černé skále s Jabloňkou a Bílé skále pod
    Bulovkou. 
    Ve druhohorách byla Praha vícekrát zalita jezery a
    posléze, v křídě, opět mořem. Toto moře po sobě zanechalo hlavně pískovce a
    opuky. Na území Trojské kotliny se však díky pozdějším odnosným procesům z
    těchto usazenin zachovaly jen okrajové zbytky. Ve větší míře je nalezneme až v
    Kobylisích a v Ruzyni. 
    Koncem druhohor se začalo pražské území zásluhou pohybů v
    zemské kůře zvedat. Takže ve třetihorách ani v následujících
    čtvrtohorách již nebylo zatopeno, nýbrž naopak bylo erodováno povrchovým odtokem
    vody. Ve třetihorách se do druhohorních usazenin zakusovala tehdejší říční síť,
    ještě podstatně odlišná od sítě dnešní. Ke starším, prvohorním a starohorním
    usazeninám se propracovala až čtvrtohorní říční síť, která postupně vybudovala
    dnešní ráz krajiny.
    Na počátku čtvrtohor tekla pražská Pravltava asi
    o sto metrů výše než dnešní řeka. Vždy v dobách ledových se pak vodní toky
    silně zařezávaly do obnaženého a teplotními výkyvy rozrušeného povrchu.
    Horninový materiál se dával do pohybu a pak na vhodných místech usazoval. Postupně
    se tak jednak vytvářelo hluboké údolí pražské Vltavy, jednak se po jeho stranách
    ukládaly terasy říčních usazenin. Tyto terasy, tvořené pískem a štěrkem,
    nacházíme na planinách po stranách kotliny - na Letné, v Dejvicích, na Suchdole, v
    Bohnicích. Izolovaná teráska se dochovala i na temeni vrchu v zoologické zahradě.
    Nejnižší a nejmladší je maninská terasa v Holešovicích. Nad povrch čtvrtohorní
    terasy v Bohnicích nápadně vyčnívá suk starohorních buližníků Velká skála. 
    Pro formování kotliny čtvrtohorní říční sítí byl významný
    rozdíl v tvrdosti a odolnosti starohorních a prvohorních usazenin. Ordovické horniny,
    zejména břidlice, jsou vcelku méně odolné. Řeka spolu s drobnými postranními
    přítoky v nich dokázala vymodelovat rozložité údolí se svahy nikoliv dramatických
    sklonů. Takový je střed Trojské kotliny. Po jeho obvodu jenom místně vyčnívají
    strmé skály, tvořené odolnějšími materiály, hlavně křemenci (Černá skála s
    Jabloňkou, Bílá skála pod Bulovkou). S velmi odolnými horninami starohor měla řeka
    podstatně těžší práci. Dokázala v nich vyříznout jen úzký kaňon se strmými,
    skalními svahy, jaký se táhne od Podhoří na sever celým Dolním Povltavím.
    Horninové podloží, ať už skalní nebo zeminové, rozrušují
    fysikální, chemické a biologické procesy. Vyvíjející se substrát je za nezbytné
    přítomnosti vody obohacován hmotou odumřelých i žijících organismů. Tak vznikají
    půdy - tenké, ale nesmírně důležité útvary, spojující
    horninové prostředí a biosféru. Vlastnosti půd určují povahu porostů i
    živočišstva. Půdní povrchy na území Trojské kotliny, a tedy i jejich porosty, jsou
    prakticky všude více či méně pozměněny a poškozeny působením člověka.
    Počínaje odlesňováním a zemědělským obhospodařováním doby kamenné a konče
    mohutnými stavbami současnosti. Nejméně ovlivněné půdní a vegetační povrchy se
    dnes vyskytují pouze na strmých skalách, kde tvoří nejpřirozenější společenstva,
    která se v Trojské kotlině dochovala - skalní stepi.