Skalní podklad, na němž spočívá město Praha, vznikal v dávných
mořích. Ve starohorním (proterozoickém) moři, před více než 600
miliony let, se z jemného bahna usazovaly jílovité břidlice a prachovce. Tam, kde se v
bahně ukládaly také hrubší úlomky různých starších hornin, vznikaly drobové
břidlice a droby. V místech velkých koncentrací křemíku, pocházejících nejspíše
z podmořských sopečných pramenů, vznikala velmi tvrdá a odolná chemická usazenina,
buližník (silicit). Na konci starohor proběhlo tzv. kadomské vrásnění.
Horotvornými tlaky byla pánev starohorních usazenin stlačena a zvrásněna v pohoří.
Přitom do jejích usazených hornin místy pronikly vyvřeliny, dioritové porfyrity, a
dodaly jim na tvrdosti. Během dalších milionů let bylo kadomské pohoří erodováno a
nakonec, po poklesu území, zalito prvohorním mořem.
V současnosti vystupují starohorní horniny k povrchu na severním a
jižním okraji Prahy, zatímco ve středu a na jihozápadě města jsou překryty
prvohorním tělesem. Trojskou kotlinou probíhá rozmezí obou těchto celků v linii
východo - západní, procházející dnešním areálem zoologické zahrady. Severně od
ZOO vystupují na povrch starohory, jižně prvohorní ordovik. Styk obou těchto útvarů
lze studovat právě ve skále v ZOO, nad bývalým pavilonem šelem. Hlavní hmotu této
skály tvoří starohorní droby, prachovce a jílovité břidlice. V ní je zhruba v
polovině svahu “zapomenuta” izolovaná šošole ordovických slepenců, tufů a
usazených železných rud, hematitů. Je pravděpodobné, že této rudy užívali k
primitivní výrobě prehistoričtí železáři, usazení v době železné na místě
dnešního Bubenče.
Starohorní usazeniny, zpevněné porfyrity, vystupují v kaňonu
Vltavy severně od Troje. Naopak jejich nenápadnou “jižní výspou” je skalka,
která vystupuje ve vinici Sv. Klára nad trojským zámkem. Tvrdý buližníkový suk
tvoří Velkou skálu. Tento hřbítek v sousedství dnešního bohnického sídliště
není příliš velký, ale hodně pamatuje. Od svého vzniku ve starohorách až po
současnost odolával vícekrát mořskému příboji i kontinentální erozi, která
odnášela nad ním a kolem něj uložené mladší horniny.
Jižně od zoologické zahrady a Havránky leží na starohorních
horninách usazeniny nebo sopečné materiály prvohorní. Jako na většině pražského
území se jedná o druhé období prvohor (paleozoika), ordovik. V jeho
mořích se na území dnešní Trojské kotliny usazovaly méně odolné břidlice a
slepence nebo naopak velmi tvrdé křemence. Podmořská sopečná činnost přidala
diabasy nebo sopečné popely. Stáří těchto hornin se odhaduje na 400 až 500 milionů
let. Ordovické břidlice tvoří například ostroh Letné a pahorek Pecku v Bubenči.
Světlé křemence dodávají odolnosti Černé skále s Jabloňkou a Bílé skále pod
Bulovkou.
Ve druhohorách byla Praha vícekrát zalita jezery a
posléze, v křídě, opět mořem. Toto moře po sobě zanechalo hlavně pískovce a
opuky. Na území Trojské kotliny se však díky pozdějším odnosným procesům z
těchto usazenin zachovaly jen okrajové zbytky. Ve větší míře je nalezneme až v
Kobylisích a v Ruzyni.
Koncem druhohor se začalo pražské území zásluhou pohybů v
zemské kůře zvedat. Takže ve třetihorách ani v následujících
čtvrtohorách již nebylo zatopeno, nýbrž naopak bylo erodováno povrchovým odtokem
vody. Ve třetihorách se do druhohorních usazenin zakusovala tehdejší říční síť,
ještě podstatně odlišná od sítě dnešní. Ke starším, prvohorním a starohorním
usazeninám se propracovala až čtvrtohorní říční síť, která postupně vybudovala
dnešní ráz krajiny.
Na počátku čtvrtohor tekla pražská Pravltava asi
o sto metrů výše než dnešní řeka. Vždy v dobách ledových se pak vodní toky
silně zařezávaly do obnaženého a teplotními výkyvy rozrušeného povrchu.
Horninový materiál se dával do pohybu a pak na vhodných místech usazoval. Postupně
se tak jednak vytvářelo hluboké údolí pražské Vltavy, jednak se po jeho stranách
ukládaly terasy říčních usazenin. Tyto terasy, tvořené pískem a štěrkem,
nacházíme na planinách po stranách kotliny - na Letné, v Dejvicích, na Suchdole, v
Bohnicích. Izolovaná teráska se dochovala i na temeni vrchu v zoologické zahradě.
Nejnižší a nejmladší je maninská terasa v Holešovicích. Nad povrch čtvrtohorní
terasy v Bohnicích nápadně vyčnívá suk starohorních buližníků Velká skála.
Pro formování kotliny čtvrtohorní říční sítí byl významný
rozdíl v tvrdosti a odolnosti starohorních a prvohorních usazenin. Ordovické horniny,
zejména břidlice, jsou vcelku méně odolné. Řeka spolu s drobnými postranními
přítoky v nich dokázala vymodelovat rozložité údolí se svahy nikoliv dramatických
sklonů. Takový je střed Trojské kotliny. Po jeho obvodu jenom místně vyčnívají
strmé skály, tvořené odolnějšími materiály, hlavně křemenci (Černá skála s
Jabloňkou, Bílá skála pod Bulovkou). S velmi odolnými horninami starohor měla řeka
podstatně těžší práci. Dokázala v nich vyříznout jen úzký kaňon se strmými,
skalními svahy, jaký se táhne od Podhoří na sever celým Dolním Povltavím.
Horninové podloží, ať už skalní nebo zeminové, rozrušují
fysikální, chemické a biologické procesy. Vyvíjející se substrát je za nezbytné
přítomnosti vody obohacován hmotou odumřelých i žijících organismů. Tak vznikají
půdy - tenké, ale nesmírně důležité útvary, spojující
horninové prostředí a biosféru. Vlastnosti půd určují povahu porostů i
živočišstva. Půdní povrchy na území Trojské kotliny, a tedy i jejich porosty, jsou
prakticky všude více či méně pozměněny a poškozeny působením člověka.
Počínaje odlesňováním a zemědělským obhospodařováním doby kamenné a konče
mohutnými stavbami současnosti. Nejméně ovlivněné půdní a vegetační povrchy se
dnes vyskytují pouze na strmých skalách, kde tvoří nejpřirozenější společenstva,
která se v Trojské kotlině dochovala - skalní stepi.